Skärgårdshavet är ett filterlikt genomströmningsområde
Skärgårdshavet är ett av Östersjöns särpräglade områden. Till Skärgårdshavets särdrag hör mångfalden öar, den långa strandlinjen och det även i Östersjöskala grunda vattnet: Skärgårdshavets medeldjup är 23 m, hela Östersjöns 55 m, och Medelhavets 2 000 m!
Skärgårdshavet, världens största ökoncentration, har således relativt litet vatten och mycket land. Den ojämna strandlinjen är lång och de skyddade vikarna talrika. Verkningarna av mänsklig verksamhet från tillrinningsområdet, som är tätt befolkat och i hög grad uppodlat, är kännbara. Samtidigt som vår skärgård är finskuren och lämpad för mycken mänsklig aktivitet, är den således samtidigt speciellt känslig för förändringar i ekosystemet.
Skärgårdshavet präglas, förutom av att vara grunt och bemängt med ett stort antal öar, av att utgöra ett av Östersjöns genomströmningsområden: vattenmassorna som kommer från egentliga Östersjön och Finska viken flyter som en följd av Östersjöns typiska motsols vattenströmmar genom Skärgårdshavet till Bottenhavet. Också det sötvatten som härstammar från åarna inom Skärgårdshavets tillrinningsområde kan föras långt ut till havs. Vattenströmningen och -omsättningen är trots detta ställvis svag i Skärgårdshavets skyddade vikar och smala sund. De stora trösklarna på Ålands havs och Skärgårdshavets botten bidrar till att förhindra det djuptliggande, på näringsämnen rika vattnet att strömma till Bottenhavet. Skärgårdshavet är som ett enormt filter och därför ägnat att kvarhålla det näringsämnesrika vattnet.
